Kegiatan kerjasama dengan beberapa institusi baik di dalam maupun luar negeri turus ditingkatkan, salah satunya dalam kegiatan penelitian. Sampai dengan saat ini, kerjasama terkait kegiatan penelitian yang sudah dilakukan dengan institusi di dalam negeri antara lain :
- RS Panti Rapih Yogyakarta
- RS Panti Rapih Yogyakarta
- RS Panti Rapih Yogyakarta
- RS Panti Rini Kalasan Sleman
- RS Panti Nugroho Pakem Sleman
- RS Panti Rahayu Kelor Gunung Kidul
- RS St Elisabeth Ganjuran Bantul
- RS Panti Bhaktiningsih Klepu Sleman
- RS Ludira Husada Tama Yogyakarta
- RSPAU dr S.Hardjolukito Yogyakarta
- RSUP dr Soeradji Tirtonegoro Klaten Jawa Tengah
- RS Jiwa Ghrasia DIY
- Dinkes Kabupaten Sleman
- Universitas Sanata Dharma Yogyakarta
- Universitas Atmajaya Yogyakarta
- STIKES Bethesda Yakkum Yogyakarta
- STIBA LIA Yogyakarta
- Akademi Angkatan Udaya
- Akademi Kesehatan Karya Husada Yogyakarta
Demikain juga kerjasama dengan luar negeri juga terus ditingkatkan dalam kegiatan penelitian, sampai dengan saat ini ada beberapa kerjasama yang sudah dilakukan oleh STIKes Panti Rapih dengan beberapa instansi di luar negeri antara lain :
- Loyola University of Chicago USA
- South Asian Ministry of Education Organization Regional Open Kearning Centre (SEAMEO SEAMOLEC)
- Lincoln University College Malaysia
- St Paul University Philippines
- Elsevier (Singapore) Ple Ltd
- College of Nursing Taipie Medical University of Taiwan
- National Taipie University of Nursing and Health Sciences Taiwan
- University of Kang Ning Taiwan
- Chia Nan University of Pharmacy and Health Sciences Taiwan
- Fooyin University Kauhsiung Taiwan
Kerjasama kegiatan penelitian dilakukan bersama dengan unit pengembangankerjasama institusi (UPKI) STIKes Panti Rapih. Dengan adanya kerjasama tersebut, sivitas akademika STIKes Panti Rapih mendapatkan kemudahan untuk mendapatkan responden penelitian dan sarana prasarana yang dibutuhkan untuk mendukung kegiatan penelitian seperti kemudahan untuk penggunaan gedung saat melakukan penelitian, kemudahan untuk mendapatkan data yang diperlukaan dalam kegiatan penelitian.
