Proses pembelajaran yang berlangsung di STIKes Panti Rapih Yogyakarta menggunakan metode Student Centered Learning yang dilakukan lewat pembelajaran teori, pembelajaran laboratorium, pembelajaran klinik dengan menggunakan berbagai metode pembelajaran dengan pendekatan Student Centered Learning (SCL), meliputi : Small Group Discussion (SGD), Reflective Learning, Problem Based Learning (PBL), Case Study Learning, Discovery Learning, Case Based Learning, Project Based Learning, Patient Based Simulation, Collaborative Learning.
STIKes Panti Rapih Yogyakarta memiliki sarana dan prasarana yang sangat memadai yang ada di dua lokasi kampus yaitu Kampus I di Jl Kaliurang KM 14 dan Kampus II di Jl Tantular 401, Pringwulung Condongcatur, Depok, Sleman, Yogyakarta, dengan total lahan lebih dari 17.000 m2 yang berdekatan dengan Rumah Sakit Panti Rapih Yogyakarta (rumah sakit utama untuk praktikan).
Memiliki lima rumah sakit sendiri di bawah Yayasan Panti Rapih yang sudah terakreditasi ISO dan JCI (Akreditasi Paripurna) dengan sangat baik dan mampu mendukung bukan saja dari sektor lahan praktik tetapi juga lengkap dengan ketersediaan klinikal instruktur yang sangat memadai dalam jumlah dan kualifikasinya
Laboratorium Keperawatan dengan setting mini Hospital
Laboratorium Gizi yang representatif untuk mendukung penyelenggaraan makanan di institusi
Laboratorium komputer dengan jumlah 60 unit PC yang terhubung dengan jaringan internet
Perpustakaan lengkap dengan koleksi buku, jurnal dan buletin yang representatif
