Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKes) Panti Rapih merupakan perwujudan perguruan tinggi dalam bidang kesehatan yang memiliki tugas perutusan dalam upaya mencerdaskan kehidupan bangsa, khususnya dalam bidang pendidikan tinggi kesehatan yang bertujuan mempersiapkan peserta didik menjadi anggota masyarakat yang memiliki kemampuan kecakapan dan keterampilan dalam pengembangan/penyebarluasan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang kesehatan serta penerapannya  bagi masyarakat, bangsa, dan negara.

Dalam perkembangannya Institusi pendidikan Panti Rapih diawali dengan berdirinya  Sekolah Perawat Kesehatan (SPK) Panti Rapih yang berdiri sejak tahun 1939. Selanjutnya konversi menjadi Akademi Keperawatan Panti Rapih yang menyelenggarakan Program Studi Diploma Tiga keperawatan dan disahkan dengan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia nomor HK.00.06.1.1.882 A tanggal 29 Maret 1993 dan keputusan Mendiknas Nomor 191/D/ 0/0/2005 tanggal 29 Desember 2005. Perkembangan selanjutnya, Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan (STIKes) Panti Rapih merupakan lembaga pendidikan swasta yang diselenggarakan oleh Yayasan Panti Rapih, berkedudukan di Yogyakarta adalah hasil konversi dari Akademi Keperawatan Panti Rapih berdasarkan Keputusan Menteri Riset, Teknologi dan Pendidikan Tinggi Republik Indonesia Nomor 440/KPT/I/2017 tentang Ijin Perubahan Bentuk Akademi Keperawatan Panti Rapih Yogyakarta menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan Panti Rapih Yogyakarta di Yogyakarta yang diselenggarakan oleh Yayasan Panti Rapih yang ditetapkan pada tanggal 16 Agustus 2017.

Atas Berkat dan Rahmat Tuhan Yang Mahabaik, STIKes Panti Rapih  menyelenggarakan Pendidikan Diploma Tiga Keperawatan, Sarjana Gizi dan Profesi Ners, sebagai bentuk  rasa tanggung jawab untuk ikut berartisipasi dalam rangka membentuk manusia sejati, khususnya profesi di bidang kesehatan, dengan mempersiapkan tenaga kesehatan vokasional dan profesional yang kompeten humanis dan berjiwa mengabdi pada kehidupan dalam upaya membangun masyarakat Indonesia yang sehat secara holistik. Sebagai lembaga pendidikan Katolik, STIKes Panti Rapih menyelenggarakan pendidikan tinggi yang berdasarkan Pancasila dan UUD 1945, serta dijiwai oleh tugas penyelamatan umat manusia seturut ajaran Injil dan Gereja, mendidik tenaga kesehatan yang mampu mewujudkan kesehatan masyarakat serta menjawab kebutuhan masyarakat.